博德研究所、英特爾、谷歌聯手推進生物醫學研究

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博德研究所“生命的單元“研討會 為加快基因組研究，隸屬於麻省理工學院和哈佛大學的博德研究所與英特爾和谷歌雲攜手合作，優化了他們的工作流，以獲得快速、經濟的谷歌N1和N2實例。與最初部署在谷歌雲上的工作負載相比，此次合作使優化後的數據處理成本降低了85%。
麻省理工學院-哈佛大學博德研究所數據科學平台外聯與傳播總監Geraldine Van der Auwera 表示：“我們知道，雲技術將使數據聯合和協作達到一個全新的水平。我們可以與其它各方合作，創建一個基於雲的數據生態系統，使科研人員可以在利用自己生成的數據的同時，整合其它數據集，來實現更豐富、更強大的計算實驗。” 為適應基因組數據量和計算研究需求的急劇增長，博德研究所將其負載遷移到了谷歌雲N2實例。在遷移到基於英特爾實例上之後，通過對管線部署工作流進行模塊化處理、根據負載需求正確調整雲實例的大小並針對至強可擴展處理器進行優化，博德研究所的用戶可以將其基因組學工作流在谷歌雲上的運行速度提高約25%、成本降低34%。

HPC基因組學圖像

據了解，英特爾與博德研究所自2017年起便展開合作，利用英特爾函數庫幫助該研究所優化其管線部署和基因組分析工具包。雙方還共同管理英特爾-博德基因組數據工程中心，來幫助世界各地的研究人員和軟件工程師構建、優化並廣泛共享新的工具和基礎設施，以及幫助科學家整合和處理基因組數據。

英特爾還與博德研究所合作，幫助優化其在谷歌雲上的管線部署。例如，基因組分析工具包中的特定內核針對使用英特爾高級矢量擴展指令集512的矢量運算進行了優化。

為了實現更廣泛的生命科學生態系統願景，博德研究所、微軟和Verily共同開發了Terra平台。這是一個安全的可擴展平台，供全球生物醫學研究人員訪問數據、運行分析工具並進行協作。Terra是在雲基礎架構之上構建的，這使博德研究所能夠輕松擴展，並為科研人員提供新功能，使其更好地研究攻克人類疾病的解決方案。

基因組學已經改變了生物科學的呈現方式。在英特爾和谷歌雲的幫助下，博德研究所處於創新前沿，支持並幫助加速基因組學的研究進程。通過遷移到雲並針對谷歌雲實例對負載進行優化，博德研究所以一種可擴展、前瞻性的方式完成了存儲容量和計算能力方面的挑戰。共同構建Terra平台使博德研究所不僅賦能其研究團隊，而且還賦能世界各地的生命科學家，使他們能夠充分利用這些優化的工具和管線部署，來創造一個聯合數據生態系統，為生物醫學研究開啟諸多激動人心的全新可能性。

文/廣州日報·新花城記者：馮秋瑜

圖/廣州日報·新花城記者：馮秋瑜

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通訊員：趙佳

廣州日報·新花城編輯：蔡淩躍